3区。下面是Microbial Ecology期刊近9年JCR分区变化趋势：
《Microbial Ecology》是一本由SPRINGER出版商出版的专业生物期刊，该刊创刊于1974年，刊期Bimonthly，该刊已被国际权威数据库SCI、SCIE收录。在中科院最新升级版分区表中，该刊分区信息为大类学科：生物学 2区，小类学科：海洋与淡水生物学 2区；生态学 3区；微生物学 3区；在JCR（Journal Citation Reports）分区等级为Q1。该刊发文范围涵盖生态学等领域，旨在及时、准确、全面地报道国内外生态学工作者在该领域取得的最新研究成果、工作进展及学术动态、技术革新等，促进学术交流，鼓励学术创新。2021年影响因子为4.192，平均审稿速度一般,3-8周。
同分区期刊还有：Genes、Phytochemistry、Peerj、Gene、Frontiers In Marine Science、Frontiers In Genetics、Biomed Research International、Bmc Genomics、Nucleus、Methods等。