藿香正气散源自宋朝《太平惠民和剂局方》，主要组成为藿香、紫苏、白芷、厚朴、大腹皮、半夏曲、陈皮、桔梗、茯苓、白术、炙甘草、生姜、大枣。本方主要功用为解表化湿、理气和中，主治外感风寒、内伤湿滞证，临床常见表现为恶寒发热、头痛，胸膈满闷脘腹疼痛、恶心肠鸣，舌苔白腻等症。
藿香正气散以驱湿药物为主组成，具有解表化湿、利水泄浊作用。湿为阴邪，其性重浊黏滞。湿邪为病，分为外湿和内湿。外湿多为因居地潮湿，汗出湿冷，淋雨涉水，正不胜邪，湿邪侵犯肌表经络肌肉关节所致，常见无汗发热、头痛身重、关节酸痛或肢体浮肿等症；内湿多因饮食不洁损伤脾胃，脾失健运所致，临床常见脘腹痞满、呕恶泄泻等症。然而肌表与脏腑相为表里，表湿重可入侵脏腑，里湿重亦可外溢肌表，二者互为影响。另外，湿邪也可与风寒暑热等邪气结合为患，所患部位有上下表里之别，病情亦有寒热之异。
加之人的体质有强弱虚实不同，治湿方法复杂。湿邪在上在表者，治宜宣辛散微汗以解之；在里者，治宜芳香醒脾以化之；在下者，治宜甘淡渗利以祛之；属寒者宜温化，属热者宜清利；体虚湿盛者当驱湿与扶正兼顾。湿与水异名同类，湿为水之渐，水为湿之极，人体水液的输布与排泄主要依靠肺的宣发而通调水道，脾的转输以运化水湿，肾的蒸化开阖以化气行水，而且膀胱的气化使水精四布，并将代谢多余的水分排出体外。如果脾肺胃的功能失调，三焦决渎无权，膀胱气化不利就会发生水液代谢障碍。三脏中以肾脏为重，因为肾脏为水脏，主津液，又为胃之关，关门不利则聚水而成水肿。
故有水湿其本在肾，其标在肺，其制在脾。湿邪黏滞易阻遏气机，导致湿阻气滞，故祛湿组方多配伍理气药以求气化，则湿易化。但临床需注意，化湿药多辛香温燥，易耗伤阴液，故阴虚患者要慎用。
湿邪特点为阴邪，易阻遏气机，湿盛则阳微。脾脏可运化水湿，是调节体内水液代谢的主要器官之一；又脾为阴土，喜燥恶湿，对湿邪有特殊的易感性。所以湿邪侵犯人体常先困脾，使脾阳不振，运化无权，水湿停聚发为泄泻水肿等症；又因湿邪重浊黏滞，其伤人易留滞于脏腑、经络，最易阻遏气机，使气机升降失常，而致经络不畅，临床常可出现胸闷、脘腹、痞满、大便不爽等症。湿邪重浊，重即沉重，故湿邪致病多见头身困重，四肢酸懒。
藿香正气散中，藿香，性辛温，归肺脾胃经，可外解在表之邪，内化湿浊，且能理气和中，避秽止呕。紫苏、白芷能解表散寒，另一方面，紫苏归肺脾经，可用于脾胃气滞引起的胸闷呕吐，助君药以示芳香化湿之功。半夏、陈皮可理气化湿，其中半夏归肺脾胃经，尤善治脏腑湿痰，为治疗各种呕吐的要药，且有化痰消食之功。陈皮，归脾肺经，为寒湿阻中、气滞呕吐、治痰之要药，相当于现在的干燥剂、祛痰剂。厚朴归肺脾胃、大肠经，大腹皮归脾胃、大肠、小肠经，大腹皮行气宽中，利水消肿，厚朴可宽中理气利湿，为湿阻中焦，消除胀满的要药。另外，厚朴善治食积胀满或大便秘结，为一条排污去垢的通道，此亦为湿邪去除途径之一也。湿浊形成根源在于脾失健运，而方中白术，归脾胃经，茯苓，归心肺脾肾经，白术以健脾益气为主，宜用于脾虚湿困而偏虚，且可利尿止汗，茯苓则为利水消肿之要药，且对寒热虚实各种水肿有效，对于脾虚湿胜的泄泻尤为显著。桔梗，归肺经，可宣肺利膈，通调水道。大枣，归经脾胃，可健补脾胃，补益中气，是正邪相争，正气受损常用的补益剂。生姜，归脾胃肺经，能解表散寒，温中止呕，可用于调理肠胃。甘草，归十二经，具有补脾益气、缓急止痛、调和诸药之效。
分析五行学说，色黄味甘的药物属土，可作用于脾胃系统。脾主运化、主升清、主统血，胃主受纳腐熟水谷，主降。基于此，藿香、白芷、紫苏、生姜，解表化湿，祛除在表之邪，协同陈皮、桔梗、半夏，理气健脾，使得脾胃清升浊降，从而达到阴阳协调，消长平衡。大腹皮与厚朴归经同为大肠经，即传导糟粕，为运化水湿的通道。为了从根本上阻止水湿的产生和蔓延，方中用到了补益药白术、大枣、茯苓，可使脾胃强健，运化功能增强，消除多余水湿，鼓舞正气。方中的炙甘草，归十二经，调和诸药。总之，方中诸药各尽其能，各司其职。