1.政府机构运转难。农村税费改革后，乡镇的主要收入来源于县级部门按财政体制计算拨付出的资金，除此之外就是一些有专项用途的生产服务性收费。而县乡财政大多是“吃饭财政”，这就从客观上形成了乡镇财政只能发工资而无财力维持公用经费支出，为了保证公用经费支出，不少地方就只能拖欠乡镇干部的工资。由于经费不足，一些乡镇已无力保障办公用品、电话费、水电费、职工差旅费等公用经费的正常支出，只得到处欠账，政府形象也因此受到严重影响。
2.农村生产、生活公益性建设资金保证难。农村税费改革后，由于乡村可用经费来源渠道单一，支出缺口较大，基层组织正常运转的经费尚难以保证，公益性事业更无力安排。而“一事一议”的方式组织和落实难度较大，缺乏可操作性。取消了“劳动积累工和义务工”后，造成中小学维修、兴修水利、公路建设、植树造林等事业所需要的劳务和资金难以落实，乡村卫生服务机构设施条件差，提供的卫生服务质量不高，影响了公益事业的发展。农村税费改革政策中将原村提留改为农业税附加收入，理应按原有渠道应用于村农田水利、植树造林、兴办集体福利事业、村干部报酬和管理费开支等，但在财政困难的乡，有的直接用来弥补财政资金缺口。
3.乡镇债务化解难。乡村债务不是农村税费改革带来的，而是在此之前就形成的历史性债务。乡镇负债主要用于弥补行政经费不足、普九等义务教育中基础设施的投入、对乡镇企业的投入和一些公益事业的建设。而弥补经费和建房几乎没有回报率，乡镇企业大多数都不景气，有的已破产倒闭，导致原有债务难以回收，目前乡镇财政多是“吃饭财政”，连维持现行运转都有缺口，更无力偿还债务。
产生困难的原因
（一）农村经济发展严重滞后
农村大多数地方经济结构单一，近年来结构调整步伐缓慢，由于农业生产比较效益和边际效益率很低，因此税收贡献率较低。从产业内部结构来看，种植业仍然占有一定的优势，乡镇企业发展不充分，现有企业困难重重，负担较多，抗御市场，风险的能力弱，对财政的贡献处于起伏不定的状态。地理位置和人才资源的劣势不利于招商引资，乡镇往往面临广大农村，交通不便，信息不灵，商品经济落后，经济运行的质量较差。
（二）行政管理体制上的原因
1.乡镇政府职能的错位。中国现行的行政管理体制是从高度集中的计划经济基础之上演变而来，政府的职能及其运作方式具有较强的指令性特征，形成了从上到下完整的指挥系统，政府直接介入经济运行，政企不分，甚至把经济组织也行政化，形成错位、越位，地方政府主导地方经济，一定程度上阻碍了农民自主地按照市场规律来对产业结构进行调整。另一方面，县级部门直接延伸到乡级的机构多，条块分割，关系难以协调，政府行政效率低下，该管的事没能管起来。在农村公共物品的供给上，因组织行政化，过分强调对上代理化的势头，对需求的动态适应性不强。
2.机构臃肿，财政供养人员过多。建国50年来乡镇机构设置变动频繁，但历次变动的一个共同特点是该减的人没有减下来，新设的机构又在增人，造成机构臃肿，冗员膨胀，人浮于事。因乡镇行政机构改革滞后，大部分乡镇财政入不敷出。因人多且都要吃饭，财政收入部分（包括农业税和统筹提留费）全部用于人员工资和办公费都不够。
3.财政职能弱化。一是乡镇收入范围被肢解，监管职能不到位。乡镇财政在实际运行的过程中，基本上只是保证基本的工资和基本的经费发放，成为政府的出纳和财政分配的一个“中转站”。二是税收征管体制不顺。目前，国税、地税部门的人、财、物全部由县上直管，一般是一个乡镇分局（所）负责几个乡镇（同一经济区域）的税收征管。作为一级基层政权，乡镇只能管财政用钱，却管不了税务收钱，收支管理形成了“两张皮”，税收征管部门向乡镇政府讨价还价、要求增加“手续费”，一些乡镇政府为了保证税收任务的完成，不得不违心答应征管部门提出的各种条件，甚至用财政收入“买税”或贷款交税。同时也加大了乡镇政府组织收入的难度。一方面，税务部门实行“一条线”管理，乡镇人代会确定的预算收入目标往往与业务部门下达的指标不一致；另一方面，对税收任务完成的好坏，乡镇无法制约。三是乡镇财政预算流于形式，缺乏约束力，支出随意性大。部分乡镇财会人员素质偏低，缺乏依法理财的意识，收支预算多由县财政代编，实际执行中根本没有预算的概念，只管账上是否有钱，也不问钱的来源和本来用途，哪里急需就往哪填。
4.干部考核制度上的弊端。许多县乡财政体制是一年一定或三年一定，缺乏长期性和稳定性，乡镇都是三年一届，乡镇领导更换频繁，一定程度上造成乡镇领导的短期行为，部分干部急于出政绩，上项目、搞建设，使乡镇财政的负担不断加重。长期以来，地方各级政府为了保稳定、保吃饭的需要，自上而下分配财政收入任务，定指标，确定增长率，甚至将财政收入完成与否作为考核干部的硬性指标，实行完不成任务就“一票否决”。这虽有利于组织财政收入，但如果与实际差距较大，就会导致负面影响，出现买税、垫税、包税、平摊税等现象。
应对困境的措施
（一）发展经济，增加财政收入总量，缓解财政困难
广辟门路，千方百计壮大乡村经济，培植财源。一是优化农业产业结构，夯实财政增收基础。要以市场为导向，立足本地优势开发新兴财源。着力优化调整农产品结构，大力发展高效特色农业。努力提高农产品的转化增值率，全面推进农产品转化进程，积极开发名、特、优农副产品，通过农民增收，实现财政增长。二是以市场为导向，发展农业加工企业，确保农业增产增效。三是要充分利用本地优势，结合自身实际，按市场机制发展乡镇企业，建设骨干财源。把重点放在引导现有乡镇会计人员的法律知识、业务知识培训和职业道德教育，实行持证上岗，对不适合做会计工作的人员要坚决调整，并结合机构改革，大力整合乡镇会计队伍，并逐步将那些财会专业人才选调到财会工作岗位上去，使乡镇财务管理尽快走出人治的怪圈，步入法治的轨道。其次，应规范县以上部门向下伸手的行为，切断那种将下级财政资金变相转为上级部门自有收入的渠道。第三，加强乡镇财政管理，禁止超标准接待、变相公款宴请和送礼；禁止公款配置通讯工具和超标准、超范围报销电话费，坚决压缩一切非生产性开支，办公电话费实行包干使用，超支自负、节余留用；来客在机关食堂接待，按标准就餐；严格控制小汽车使用范围；办公用品实行由财政所统一购买，调配使用；严控水电费、打印费等其它非生产性费用开支。
5.加强乡镇领导的责任考核，完善乡镇领导经济责任审计制度。建立领导责任考核制度，并与职级晋升、评先选优等挂起钩来，把眼前的实绩与财源建设的目标和责任结合起来，进行综合性考核，以防经济建设中的短期行为。同时，要进一步完善消赤减债目标管理责任制，在没有偿债保证和偿债能力的情况下，盲目搞建设项目，视同违纪，严肃查处。对不按规定程序决策、脱离实际，盲目举债营造所谓“政绩”工程的干部，既不能提拔重用，也不能让其留下债务，异地为官；凡造成经济损失的，要追究责任。严格执行乡镇干部任期、离任审计制度，加强对财政资金的监管力度，防止新的债务产生。
（三）采取综合措施，化解乡村债务
一是建立偿债减债机制。对已锁定的乡镇、村债务，要认真清理，分清性质，分清界限，分清责任，不能将所有债务都由乡镇财政偿还，对于因“普九”、“普六”等农村义务教育形成的债务，上级财政每年应从预算中安排一定比例资金帮助经济不发达乡，镇减轻债务。对于其他乡镇债务，要拟定偿债计划，财力允许的乡镇，在确保人员工资和必要的行政运转经费的前提下，可安排一定资金用于偿还债务。二是加大清欠催欠力度。对账内的债务要通过积极组织收入，以及利用包括法律手段在内的各种措施抓紧催收债务，主动予以清偿；对账外的隐性债务部分，则要本着谁收益谁负担、谁使用谁归还的原则，清理落实债务人、责任人等，主动地、科学地清理财政债权与债务。三是落实偿债责任，建立严格的偿债减债奖惩制度，对完成减债任务好的乡镇和有功人员，要大力奖励；对完不成减债任务的乡镇，可采取扣减转移支付金额等办法督促完成。四是加强财政资金监管，完善乡镇财政管理办法。全面清理乡镇银行账户和票据，摸清乡镇收入家底。认真清理核实乡镇债权债务，将乡镇各项债权债务逐一登记造册报县政府备案，严禁新增负债。
（四）完善县以下的转移支付制度
目前，在分税财政财政体制下，中央、省、市都建立于转移支付制度，但大都只落实到了县，并未全部落实到乡镇。县级要积极优化财政支出结构，压缩本级财政支出和专项拨款等方式，调剂出一些财力，详细测算乡镇的标准收入和标准支出，切实帮助解决乡镇财政困难；同时，要建立对乡镇的财政激励约束机制，对乡镇财政收支和管理实施动态综合考核，根据考核情况，调节对乡镇的财政转移支付系数，从机制上调动乡镇增收节支、自求平衡的积极性。