一、“市场失效”与“政府失效”：创新能力缺失的原因分析
（一）市场失效阻碍自主创新
在市场经济环境中，市场机制具有基础性的资源配置功能，是市场经济之所以能最佳配置社会资源的根本条件。然而，在充分发挥和尊重市场机制这一作用的前提下，市场经济也会必然形成和存在着若干市场的失效状态。尤其是在我国社会主义市场经济发展尚未成熟，市场机制配置资源的基础性作用尚未完全发挥的宏观背景下，市场失效问题便困扰和阻碍着企业的自主创新活动。
1.科技型中小企业的技术创新和经营活动具有外溢性。科技型中小企业从事的技术创新活动对经济社会发展十分重要，但它们的研发投入通常难以通过市场交易获得补偿。根据公共财政理论，具有正外溢性的产品和服务，其所有者所能获得的个人效用，将由于利益外溢而小于他所产生的利益总量。成本利益对称是市场等价交换原则的具体表现，是人们从事市场活动所必须遵循的基本准则之一。在个人利益小于成本的情况下，正外溢性的提供者将缩小其正产品的生产和提供的规模，使得具有正外溢性的活动规模小于社会最佳规模（张馨，1999）。因此，中小企业研发行为的“市场外溢性失灵”，将导致企业受利益驱动将有限的企业资金投资于见效快、收益高的项目，从而减少具有正外溢性项目的科研经费投入，致使企业对引进技术进行消化吸收及创新的资金投入偏低。以2001年为例，国内企业消化吸收经费仅相当于引进经费的6.87%.这种自主创新的集体不作为，使国内企业陷入了丢掉市场，却换不回技术的窘境。
2.获取创新资源和能力的机会不均等和信息不对称，导致了“市场失效”。据2002年统计数据，我国科技型中小企业约有60%收入在100万元以下，实力弱和资金不足是这些企业发展的主要障碍。尽管国家出台了多种金融政策措施，但由于科技型中小企业缺乏相应的抵押品、信用记录和担保者，事实上难以从这些政策中获益。此外，当前金融机构都处于提高资产质量、减少金融风险、增加安全性和流动性的改革调整时期，其服务重点短期内仍然集中在大型企业和机构，中小企业普遍难以获得银行贷款。机会的不均等和信息的不对称，使中小企业以完全市场竞争方式获得资源的公平程度降低。
3.风险性和不确定性造成了资本市场的介入空白。创新型中小企业一般都具有不确定性和信息不对称性两个特点。具体表现在创新活动的回报常常是非线形的而且是极不确定的。企业家可能比潜在的投资者掌握更多关于其产品和工艺性质及特点的信息、创新活动常常是无形的。因此在创新企业的种子期和发展早期，由于企业货币价值难以评估，投资风险极高，故而难以获得资本市场的青睐。以美国为例，尽管其资本市场高度发达，但在这种高度发达的资本市场背后，市场的逐利行为必然会导致部分区间的资本市场空白。因此，科技型中小企业创业阶段便面临着难以逾越的“死亡峡谷”。
（二）政府失效制约自主创新
自主创新能力缺失不仅仅是市场自发力量作用的结果，体制改革过程中政府制度、政策的不完善甚至缺失在一定程度上也制约着我国企业自主创新能力的发展。
1.受计划经济体制影响，我国科技管理行政化问题严重。政府对科技的管理体制基本是采用各种计划，从最上游的基础研究如973计划到863高技术发展计划，到下游的“星火计划”，政府对科技活动的操纵能力空前提高，但管理手段非常传统，计划色彩相当浓厚，最主要的表现就是“立项-申请-研究-报奖-评奖”过程。科技管理的行政化问题决定了人才的评价、选拔、流动都被行政官员把持、科技经费的投放方向也受制于行政部门，形成“外行管理内行”的局面，而高度集中的计划管理也导致了科技管理过程中的种种腐败现象，极大地影响了科技事业的发展。
2.财政科技投入缺乏稳定增长机制，投入结构不合理。20世纪90年代以来，我国财政科技投入总量有较大的增长，但是统计数据显示，1988年至2002年我国财政科技投入占GDP的比重均低于1%，其中1997年仅为0.51%；财政科技投入占财政收入的比重也呈逐年下降趋势，从1996年的4.3% 下降到2002年的3.7%.可见，财政科技投入尚未形成稳定的增长机制。此外，财政科技投入的结构不甚合理，突出体现在基础研究、科技基础条件、公益科技投入等基础性科技投入不足，支持行业共性技术研发和相关公共设施的资金缺乏，成果转化基金、科技创业投资和产业开发基金发育严重不足。
3.风险投资和资本市场的制度性缺陷制约了其对企业自主创新支持作用的发挥。改革开放以来，在我国风险投资和资本市场从无到有，取得了巨大的成绩的同时，其发展环境和制度的缺陷也日益凸显。目前，我国风险投资和资本市场还不够强大，发展速度落后于国民经济增长的步伐，甚至出现了边缘化趋势，不能满足高新技术企业高速发展所面临的旺盛的融资需求。一是资本市场现有的制度安排不适应科技型中小企业发展的需要。如现行发审制度、发审标准都不利于创新型科技企业进入资本市场；中小企业板规模有限，资本市场层次单一，无法满足中小企业融资需求，并且由于没有建立适合不同企业融资的多层次的资本市场，不能为风险投资的退出提供多渠道、高效率的股权交易平台，即风险投资缺乏有效的退出机制，抑制了风险投资的不断循环增值。二是风险投资缺乏有效的政策支持环境。2005年10部委出台的《创业投资企业管理暂行办法》，对促进和规范风险投资机构的发展具有积极意义。但有关支持风险投资发展的税收政策、引导基金政策以及证券、保险资金参与风险投资的政策等，仍还在研究制定之中。
4.在税收政策存在不利企业自主创新的因素。税收制度是影响企业自主创新能力提升和国际竞争力增强的重要因素，目前我国高新技术企业一般被归属于缴纳增值税和企业所得税的制造业。由于企业前期研究和开发的投入较大，资本有机构成高，投资资本支付的增值税进项税额得不到抵扣。前期的研究开发成本又不能计入当期成本，企业研发人员的工资不象外资企业一样可以全额税前列支，而只能列支960元，导致高新技术企业的实际所得税税负较高。这种税收政策实际上起不到鼓励企业通过技术创新来降低各种原材料和能源消耗的作用，无法通过税收政策鼓励企业自主创新。
5.政府对知识产权的保护水平低下，抑制了企业自主创新的积极性。从理论上讲，知识产权制度的本质是在保护创新者的利益和积极性的前提下，有偿的扩散技术。如果没有对知识产权的保护，知识产权在市场上就不会获得价值，就没有人愿意去创新，没有人愿意进行研究开发投入。改革开放以来，我国政府在知识产权制度的建设方面取得显著成效，但是由于在法律和管理体制等方面不够完善，存在着多头管理、侵权打击不力、侵权成本低、维权成本高昂、考核评价体系不科学等体制“瓶颈”，导致现阶段我国知识产权整体保护意识淡薄、保护水平低下。据统计，2005年我国国内拥有自主知识产权核心技术的企业仅占万分之三，99%的企业没申请专利，60%的企业没有自己的商标，处于有“制造”无“创造”、有“产权”无“知识”的状态。知识产权保护不力，造成市场缺乏公平有序的原则，使得企业从知识产权中获得的收益低于投入的成本，致使企业对知识产权的期待变得消极，从而弱化了企业自主创新的动力。
二、根据公共财政原则科学界定自主创新过程中财政职责范围
公共财政理论认为，公共财政是弥补市场失效的国家财政，政府及其财政以弥补和纠正市场失效为职责。但那是基于要素充分流动和自由替代的完全市场假设的市场失效，我国的市场经济具有“人为”建立的特点，使得我国的市场不足以依靠自身的力量去否定政府和财政的侵犯行为。作为改革推动者的政府如果不能自觉主动地将自身活动限制在市场失效的范围，那么在制度摩擦的过程中就不可避免地会出现政府及其财政超越市场力量的约束或者偏离市场经济要求而发生的政府职能“越位”、“缺位”等现象，由此产生具有我国特色的“市场失效”与“政府失效”并存的局面。
公共财政是适应于、服务于并有利于市场经济存在与发展的财政类型（张馨，1999），深化改革是公共财政的要义所在。自主创新包括科学创新、技术创新、产品创新、管理创新、人才创新等等，在各种创新中，制度创新是纲，其他创新都是目。制度创新是其他创新之母。改革开放以来，每一项制度创新都必然带来经济的巨大发展和社会的巨大进步。家庭联产承包责任制给农村带来了翻天覆地的变化；企业自主经营给国有企业和其他各种类型的企业带来了一系列的巨变；实行社会主义市场经济是中国经济巨变的根本原因。改革改的就是制度、体制，改革不是细枝末节的修剪，而是对原有制度、体制的根本性变革，即以制度创新作为最高形式。而有效的制度创新显然离不开政府的作用，在推动企业自主创新过程中，政府及其财政应遵循公共财政的原则精神，调整自身职能，从培育创新环境、搭建鼓励创新的机制和平台的角度来合理使用行政权力和配置资源。
三、支持自主创新的公共财政政策建议
（一）从源头抓起，进一步建设好体制性安排及法律法规制度化
在体制性安排方面，可借鉴美国小企业管理局（SBA）和法国创新署的做法，由相对独立的政府行政机构或完全独立且部分行使政府职能的机构发挥统揽全局及协调各方面的作用，改变传统行政体制下科技管理混乱、不利于企业创新的现象。在制度化法律法规建设方面，首先应加强知识产权保护力度。知识产权保护是构建国家创新体系的重要环节，我们应该抓紧制定并实施国家知识产权战略，从知识产权的创造、管理、保护、运用等各个方面采取措施，支持形成一批对经济社会发展具有重大带动作用的核心技术和关键技术装备的自主知识产权，形成一批拥有自主知识产权和知名品牌、国际竞争力较强的优势产业。完善知识产权法律法规体系和执法体制（包括行政执法的体制和司法的体制），从立法和司法、执法等法律环节确认，加强知识产权的综合保护，提高侵权成本、降低维权成本，为鼓励自主创新和维护权利人合法权益提供有力的法制保障。其次，完善风险投资和资本市场的制度安排，促进科技与资本的融合。尽快研究制定有关支持风险投资发展的税收政策、引导基金政策以及证券、保险资金参与风险投资的政策等，为风险投资的发展提供良好的政策环境；根据不同类型、不同成长阶段的创新型企业的不同特点和风险特性，结合新《公司法》和《证券法》制定相应的发行上市条件、发行审核标准、改革发审制度，加快中小企业板制度创新并尽早进行创业板试点，构建多层次的资本市场，不仅可以满足不同类型、不同成长阶段的创新型企业多样化的融资需求，而且多层次资本市场中的公共股权资本市场可以为风险投资提供退出机制，促进风险投资不断循环增值，为企业自主创新提供更多的资金支持。
（二）进一步完善鼓励自主创新的税收支持体系
税收制度是影响企业自主创新能力提升和国际竞争力增强的重要因素，为改变我国现行税收政策存在的不利于自主创新的现状，应尽快调整和改进我国高新技术企业的税收政策，积极推动生产型增值税向消费型增值税转型；在企业所得税方面，既要统一内外资企业所得税，使本土科技型企业获得公平的市场竞争环境，又要基于推动自主创新的战略诉求，实施一定的税收优惠政策，比如允许对科研活动使用的先进设备、专用装置、房屋实行加速折旧，允许研发人员的工资可以全额税前列支、对投资者投资于科技型中小企业的投资行为进行税收优惠，根据投资额分别适用所得税减免、资本利得税免除以及资本损失减免和延迟纳税等优惠形式，以此降低投资风险，鼓励向初创期企业的投资行为。此外，还应制定对风险投资的税收优惠政策，对风险投资从高新技术企业所获得的股权转让中的增值部分给予必要的税收优惠，鼓励民间资本参与风险投资，扩大风险投资的资金来源。
（三）增加财政科技投入，优化投入结构，提高财政资金使用效益
要逐步建立稳定增长的财政科技投入机制，确保财政科技投入的增长幅度高于国家财政经常性收入的增长幅度，为实施《国家中长期科学和技术发展规划纲要》和“十一五”（2006-2010年）科技发展规划提供强有力的经费保障。同时，积极优化财政科技投入结构，合理配置科技资源。政府及其财政主要应该在企业不愿意进入，或者企业没有能力的领域发挥作用，重点应该是加强科技基础设施建设、支持公共技术平台的建设、支持一些产学研联合的开发体；发挥财政资金的引导作用，加强对风险投资发展的引导力度，设立国家风险投资引导资金，即“母基金”。国际经验表明，在市场缺位的情况下，依靠政府财政建立“母基金”引导社会资本的做法行之有效。不但可以在风险投资的资金供给方面，以政府示范性引导资金拉动全社会各类资金投资设立风险投资机构，扩大风险投资的资金来源，增强国内风险投资机构的资金实力。还可以通过引导资金的影响，引导风险投资机构加大对种子期和初创期科技型中小企业（尤其是自主创新能力强的企业）的投资，以此提升我国企业的自主创新的能力。此外，还能改进政府资源配置机制，即政府科技资源的配置机制，以提高政府投资的效益。
（四）拓展政府采购政策的扶持功能
政府采购是以政府为主体，运用财政资金为满足社会公共需要而进行的采购活动。政府采购具有典型的公共性特征和巨大的市场影响力，不仅是采购公共物品与服务的重要手段，还是一种有效的政策工具。政府采购在支持自主创新方面具有不可替代的作用。政府可以制订政策，规定凡是涉及高新技术类产品的采购，一律优先优惠采购自主创新的产品；规定政府采购的某些产品技术含量中的自主创新成分必须达到一定的比例；政府与企业、科研机构建立合作与联系，对于那些对促进经济社会发展具有重要意义的自主创新产品实行政府采购；政府逐步改革传统的课题基金预付制，实行创新成果政府采购制。