一是保障基本支出需要的财力严重不足的矛盾。公共财政的一个最基本的要求就是要保证政府正常运转的财力需要。然而，现在地方财政特别是市（县）以下财力严重匮乏，收不抵支，财政收支难以平衡，有些乡镇的可用财力连教师工资都不够。如此紧张的财力状况，使地方财政成了名副其实的“吃饭财政”，没有保障公共财政支出基本需求的财力。因而，难怪有人把“吃饭财政”当成公共财政。其实世界上没有哪个国家是无建设性支出的财政，各种基础设施和公用设施历来都是公共物品或服务的代表，都属社会公共需要的范畴，它应由政府出资兴办。
二是可用财力的增长难以满足刚性支出需要的矛盾。一方面现行财政体制下，税收任务由上级税务部门按照“基数加增长”的办法下达，难免与实际税源相脱节，地方财政无权追加或调整，不得不靠良好的人际关系或增提手续费、拨款改善办公条件等形式协调与税务部门的关系，确保尽可能多的税收；另一方面财权与事权不统一，上级部门超越事权，规定下级支出项目、标准和范围，如教育、农业、科技、血防、计划生育、文化宣传、民兵训练等都有具体明确的硬性规定，有关部门和单位拿着上级的红头文件，要求当地财政安排配套资金，有些文件还详细规定了安排的比例或数额，没有顾及地方财政的承受能力。另外，一些政策性增支因素不断出台，特别是调整工资、增发离退休人员生活费、提高民政定补标准、增加岗位津贴和警衔工资等，使得地方财政入不敷出。
三是财政支出“越位”难退、“缺位”难补的矛盾。财政支出范围一方面存在“越位”，职能相近的部门重复建立，一些有经营收入的事业单位和很少具备行政管理职能的部门乃至后勤服务部门也在财政供给之列，介入竞争性领域的开支比重偏高；另一方面严重“缺位”，公共服务能力弱化，在公共交通、城市基础设施建设、教育、科技、卫生事业发展等方面投入不足，不少地方的人员工资和公用经费不能打足，下岗职工和离退休人员的“两个确保”无法实现，医疗保障没有保证。由于“越位”退不了，致使“缺位”补不上，与公共财政的基本运行机理相悖。
四是财政支出标准与实际不符之间的矛盾。近几年，尽管对财政供给标准做了多次调整，但仍有不少财政供给标准与实际不符，如住宿费、出差费等，标准偏低。如果提高标准，可用财力又无法满足。而且在财政供给范围没有完全净化之前，就实行统一的集中国库支付制度，必然要增加支出，加大财政的压力。
五是财政自身管理机制不完善的矛盾。在预算管理上，预算编制不细，预算期财政收入的测算一直采用以增长比例确定总量增长的办法，财政支出的安排长期存在切大块直至执行中频繁追加的问题，即使有些地方实行了“零基预算”，却不够规范，缺乏科学性和严肃性，漏洞较多，如同做数字游戏。在预算的完整性上，由于部门利益的驱使和管理措施不到位，预算外资金并未作为财政性资金实行严格意义上的收支统管，财政预算仅仅包括了预算内收支，预算外收支分散于各部门和单位，成了财政难以掌握的“第二预算”。在财政监督检查上，当前财政监督的范围与深度、方式与方法还不适应职能转变的要求，财政监督检查还没有渗透到财政性资金使用的各个环节，存在着真空。
公共财政的建立势在必然。那么，当前在构建公共财政新机制上遇到的矛盾和困难如何解决呢？笔者以为必须从四个方面加以改进。
（一）完善财政体制，合理分切“蛋糕”。首要的是正确划分各级政府的财权与事权。财权与事权的正确划分和规范实施是分级财政体制的前提条件。要在事权划分的基础上，严格按事权行使财权，克服“下级靠上级补助实现平衡”的观念，严禁互相“钓鱼”等不规范行为。其次要合理分税。地方税种设置是否合理，一方面要看能否保证必要的地方税收入，使地方税收入与其所能承担的职责任务相适应，另一方面要看地方税基是否具有相对独立性和稳定性。因此，既要依据税种性质，将零星分散、税基较窄的税种划归地方，又要兼顾地方税收规模，将少量收入稳定、税基丰厚的税种纳入地方税范畴。再者是要尽快出台规范的转移支付制度。用因素法核定各级财政支出水平和收入能力，并充分考虑各地的实际情况，减少人为因素，实行转移支付。在财力紧张的状况下，为实施有效调控，适当集中增量财力是必要的，但从发展趋势看，收入增长的大头不应归上级财政，以调动各级财政的积极性，建立自求财政平衡的激励机制。
（二）建立规范的税收体系，以保证能够满足公共需要的财政收入。如何组织与公共支出需求相应的财政收入是当前最棘手的问题。从目前的情况看，一要清费立税，完善税制。1994年改革后的新税制已运行好几年了，其中的弊端已经显露，这就要做好新税制的完善工作。重点是要研究解决增值税转型和扩大征收范围、消费税改革以及出口退税机制的改革等问题。增值税要由生产型向消费型转变，课税范围逐步扩大到劳务领域，使增值税成为覆盖货物和劳务所有领域的一个税种。消费税要适当扩大征收品目，对烟、酒等传统征税品目的政策和制度进行完善和调整，在更广泛范围内发挥消费税调节经济和筹集收入的作用。针对出口退税上征税与退税相分离、退税以实际退库为主，发生很大现金流的情况，应该在严厉打击出口骗税行为的同时，改革出口退税机制，从制度上最大限度地防止骗税现象的发生。为防止费挤税，侵蚀税基，影响财政收入，应清理不合理收费，保留规费等属于工本性质的收费。规范由政府机关征收的政府性基金，对已经实行多年、比较成熟合理的收费和基金实行费改税。加强收费票据管理，实行源头控制，把所有预算内外资金都纳入财政预算统一管理。二要改革税收计划管理模式和考核办法。应在建立税源台账，对税源充分测算的基础上，制定合理的税收计划。对税收计划完成情况既要从数量上考核，又要从质量上考核，看其是否严格依法征税。如果没有做到应征尽征，即使数量上完成了税收任务，也不能认为完成情况好，从而在考核机制上扭转过去不科学的做法。三是落实责任，严格监管。建立健全收入征管责任制，明确各自的职责，并将责任明确到人。对税收征收情况要加强监督检查，对有税不收的，财政部门可以直接征收入库，既不作为税务部门的实际入库数，还要追究有关单位和个人的行政和经济责任。只有把该收的收入都收上来，才能为公共财政的实施打下坚实的财源基础。
（三）确立科学的支出体制，构建公共支出框架。第一要科学界定公共财政支出的范围。根据有所为、有所不为的原则，把一般性的竞争性生产领域与财政脱钩，全面推向市场，通过市场手段配置资源，腾出更多资金，提高对科学、教育、环保等方面的投入。第二要重新确定支出顺序。坚持先吃饭后建设的原则，根据有保有压、保压结合的要求，按照保工资发放、保机关正常运转、保社会保障、保公共建设的顺序编制预算，确保重点支出需要。当前，特别是要结合机构改革，精简机构，合理定编、定员，保证人员工资的及时发放。继续加快事业布局调整，打破区域和行业限制，改变布点过于分散和部门所有的封闭状态，实现事业资源的合理配置。第三要调整财政建设性资金投入。公共财政并不排斥建设性资金的投入，关键是要改变投入的方式和方法。财政要从过去直接对竞争性领域、应用性研究、一般性文艺团体的投资和企业亏损补贴等当中退出来，逐步转向公共投资领域，也就是影响整个经济、社会、文化发展，市场不能投资、不愿投资、不敢投资的领域，如兴建水路、电、桥等基础设施，投资兴办学校、医院、基础科研等事业，健全社会保障制度，增加社会保障支出等，为社会创造一个公平的竞争和投资环境。
（四）改革财政基础管理，进一步提高理财水平。一是改革预算编制办法。公共财政要求早编预算、细编预算，编制部门预算。因而，财政预算必须改变过去那种“预算一年，一年预算”的传统做法，扭转“重决算，轻预算”的状况，把预算编制开始时间提前到上一年，使预算编制时间起码在9个月以上，保证有充足的编制时间。预算编制必须细化，要细化到具体部门、具体单位、具体项目。各预算单位必须同步编制部门预算，有预算外收入的，须编制包括预算内收入的综合预算，不得私设小金库、账外设账、截留财政收入。预算一经确定，应保持其严肃性，坚决按预算办事，不得随意更改，彻底解决预算“年初粗算算，年末再追加，专项结转过多”的弊端。二是实行零基预算。编制预算时将支出划分为人员经费、公用经费、事业发展和生产建设性支出分别编制，行政机关、全额供给事业单位按编制内实有人员和国家规定的工资、福利标准据实编列，定额补助单位定额补助费分别按定额补助标准编列，超编人员不予供给。公用经费实行统一的分类定额。财政部门要对单位人员增减、供给标准变动及专项支出项目实行动态管理，既要避免个别部门吃空头经费，又要防止留下硬性支出缺口。各项支出标准的制定必须符合实际，并根据变化了的情况随时调整，以提高预算执行的可行性。三是落实国库集中支付办法。国库支付制度的改革涉及到集中支付机构的设置、部门职责的调整等配套改革。集中支付机构设立后，财政部门的预算管理机构要相应精简；取消各预算部门及其他相关部门在银行开立的预算内外资金账户，将这些资金集中于财政部门在银行开立的国库单一账户中，这些部门主要负责审核预算执行的真实性，不再承办各项支出事宜。四是推行政府采购制度。要在完善政府采购操作制度的同时，加大工作力度，扩大采购范围，把政府采购项目全部推进到位。五是加强财政监管。按照“横向到边，纵向到底”的要求，对所有单位、所有支出项目实施经常性检查，做到不留死角，消灭真空。既要认真查，更要严肃处理。不查不处、重查轻处都是财政监管工作的大忌，必须予以纠正。只有把各项管理措施推进到位，公共财政新机制才能得以顺利建立和完善。