1999年以来，我国中央对地方财政转移支付资金逐年增加：2000年投入800亿元，2001年多于1000亿元，2002年的投入超过4025亿，2005年中央财政安排各类财政转移支付补助7330亿元，加上税收返还和一些体制性补助，用于推进地区均衡发展的资金超过10000亿元(吴睿鸫，2007)。然而，我国实施了多年的财政转移支付制度在实现均等化目标方面的效果并不明显。
一、我国财政转移支付存在的问题
(一)政府财权、事权划分不对称
中央和地方实行“分灶吃饭”的分税制财政体制以来，对财权的划分还比较明确，而对事权的划分界定不清晰。财权与事权的不对称直接导致了各级政府之间对事权和财权支出范围的随意和盲目划分，拨付出去的财政转移支付资金的运用随意性很大，产生上下级政府对同一项公共服务重复提供或对某些地区急需的公共服务因上下级政府推诿责任而无人提供的现象，而且事权划分的模糊和财政支出范围划分的混乱导致许多政府机关人浮于事，也很难对其进行绩效审计和考核，很难快速和明确地界定当事人之间的责任分配，由此导致财政支出整体效益的低下。
(二)财政转移支付规模尚小
西方发达国家地方政府一级的财政收入有将近30%—40%来源于联邦和州政府的财政转移支付，有的基层组织如美国的学区有近60%来源于上级政府的财政转移支付。现阶段，我国的中央财政仍十分困难，使财政转移支付制度缺乏充足的财力支持。1993年，中央财政收入占财政收入的比重为22%，到2003年已上升为54.6%。如果计入预算外收入部分，这一比例约45%。税收返还是中央政府的法定义务，其目的不是为了扶危济困，更不是为了实现公共服务均等化，应把税收返还看作是地方对共享税收入的分享。如果把税收返还约4000亿元计入地方收入，中央财政占财政收入的真实比重应该在30%左右。和国际水平相比这一比例是明显偏低的。
(三)财政转移支付结构不合理
在我国的财政转移支付构成中，用于税收返还及补助的数额偏大，而用于缩小地区差距的数额又偏小。如2003年中央财政总支出预算为15138亿元，中央本级支出7201亿元，对地方税收返还和补助支出7937亿元。其中，税收返还3404亿元，体制性补助326亿元，对地方的其他财政转移支付4207亿元。税收返还占中央对地方全部财政转移支付的43%。而税收返还是以保证地方既得利益为依据的，实际上是对收入能力强的地区倾斜，与公共服务均等化的目标毫无联系，致使西部许多地区由于财政均等能力不足长期无法实现财政平衡。税收返还延续和固化了原有的不合理的利益分配格局，逐步拉大了地区差距。财政补助由于缺乏科学依据，透明度不高，随意性很大，常常出现上下级政府讨价还价的问题，明显有失公平。专项拨款也由于缺乏完善的法律依据和有效监督，运作不规范，经常成为地方政府平衡地方财政的工具。
(四)财政转移支付资金安排缺乏监督
长期以来人们对财政部门只管拨款。不问资金使用方向的现象已是见怪不怪了。我国较大比例的财政转移支付资金在拨付到各部门之后就进入失控状态。目前屡有项目重复设置、多头审批、利用职权对本系统资金安排予以“照顾”的案例。这些违规做法使财政资金难以统筹安排、合理配置，甚至还滋长了政府中狭隘小团体主义和地方保护主义的毒瘤，严重违背了财政转移支付资金拨付的目标和降低了资源配置的效率。
(五)财政转移支付资金安排随意性大
在分税制国家里，有条件拨款(专项补助)的范围一般都限定在具有明显的外溢性、需要两级或多级政府共同分摊其成本费用的某些基础性项目和公益事业项目内，专项补助资金的分配使用一般都有基础设施建设法规或单项事业发展法规作依据。与之相比，我国目前的专项拨款范围太宽，几乎覆盖了所有的预算支出科目，并且补助对象涉及到各行各业，到处“撤胡椒粉”：同时，不少专项资金的分配使用缺乏事权依据，亦无相应的基础设施建设法规和单项事业法规可依，费用分摊标准和专项资金在各地区之间的分配方法都缺乏严格的制度约束，随意性大，客观性差，难免出现资金使用的分散、浪费和低效率。
(六)财政转移支付标准不规范
在我国现行的财政转移支付的法律形式中，并没有建立一套科学而完善的计算公式和测算方法，资金的分配缺乏科学的依据。目前，仍然坚持“存量不动。增量调节”的原则，并在此基础上采取“基数法”计算财政转移支付的资金数额。另外还有一些财政转移支付资金干脆就根据拨付者的主观判断，而不是根据一套规范的计算程序和公式来分配，这样势必造成财政转移支付的盲目性和随意性，使财政转移支付演变为中央与地方之间的博弈行为，影响公正性，降低了转移支付的效率。这样的财政转移支付标准不仅不能适当的解决我国严重的地区间财政收入上的差异，而且加剧了这些地区间的公共服务水平上的差异。
(七)财政转移支付立法不完善
我国财政转移支付制度缺乏法律的支撑和保障，法律约束和监督机制不健全，主要表现在如下四方面：一是相关的法律法规体系的建设滞后，我国现行的政府间财政转移支付制度依据的主要是政府规章，还没有专门的或者相关的规定财政转移支付的法律。缺乏法律权威性和统一性，客观上降低了财政转移支付制度决策和运作的民主性和规范性。二是没有专门机构对财政转移支付进行统一安排和管理，使来自于不同口径不同名目的财政转移支付之间目标不统一，标准不合理，政策功能相互冲突，政策目标实现难以保证。三是财政转移支付的决定与支付缺乏明确的程序规范。使支付对象、资金数额、支付时间、支付方式等方面都带有随意性和人为因素，四是对财政转移支付违规违法行为责任的认定和处罚缺少全面、明确的规定，很多违法行为都以“内部处理”了事，造成了一些单位和个人对财政转移支付的有关规定视而不见。影响了财政转移支付制度的权威性。另外，审计部门对我国财政转移支付资金的使用也监督不够。
二、进一步完善财政转移支付的对策
(一)进一步提高两个比重，扩大财政转移支付规模
纵观发达市场经济国家的财政转移支付，无一不是以中央拥有较大财力为基础的。如美国联邦政府掌握了全国财力的60%，日本中央政府集中了63%：澳大利亚联邦政府掌握了70%，加拿大和德国中央政府也集中了约50%的财力。我国自1994年分税制改革以后，名义上中央财政收入占全国财政收入的比重已经上升到50%以上，但由于大量的税收返还，中央财政实际可支配财力增量打了折扣。如果把税收返还约计人地方收入，中央财政占财政收入的真实比重应该在30%左右。和国际水平相比这一比例是明显偏低的。另外，我国财政收入总额占GDP的比重虽有所上升，但总体上还是偏低。所以，提高“两个比重”在很大程度上制约着财政转移支付制度的完善。另外。我国国土辽阔，地区差异大，并且处在由计划经济向市场经济转变、由二元经济向现代经济转变、快速融入世界经济体系、快速城市化的社会变迁过程之中，社会矛盾错综复杂，政府更需要拥有较为雄厚的财力。惟有如此，才能有效控制社会秩序，有序解决社会矛盾，平稳推进社会转型。当前。许多问题(如农村义务教育、农民医疗和养老保障等)的有效解决，也都有政府财力不足的制约。
(二)加强财政立法，制定中央级《财政转移支付法》
世界上一些发达国家纷纷用法律来约束财政转移支付行为。在德国，财政转移支付的系数要由立法机构讨论确定，财政转移支付的目标、范围等也被写入法律，据以计算均等化拨款的税收能力和标准税收需求。其他一些技术性的比例，也用法律的形式加以明确规定：在日本，各级政府之间的财政收支划分以及财政转移支付的三种形式都有相应的立法：美国的主要专项拨款由国会法案确定等。他们对财政转移支付中的若干内容，包括政府支出责任、收入划分、财政转移支付规模、结算办法等，均以法的形式加以规定。因此，建议有关部门借鉴发达国家财政转移支付经验。对财政转移支付制度的内容、具体用途、监督形式、处罚规则等，以立法的形式明确下来。
(三)进一步完善我国的分税制财政体制，明确划分中央政府和地方政府之间的事权、财权的范围
财政转移支付手段应当以事权和财权的明确合理划分为基础。我国宪法对中央政府和地方政府的职权进行了规定。政府间的事权划分应当以成本效益分析为标准，将政府间相互交叉的事权彻底分开，明确各级政府的开支责任，对政府间的共同事务，应当按照支出责任和收益程度的大小确定负担的比例，并以财政转移支付的方式将资金归集到具体事务的承担政府。
(四)用“因素法”代替“基数法”计算财政转移支付数额
因素法的基本特征是，选取一些不易受到人为控制的、能反映各地收入能力和支出需要的客观性因素，如人口数量、城市化程度、人口密度等。可以在《过渡期转移支付办法》的基础上进一步完善，设计出一套科学的公式，对各地的标准化收入能力和标准化支出需要进行测算，以此确定转移支付的数额。在因素的选择上，应全面、客观，用税制因素、人口因素、自然环境因素、经济实力因素、社会发展因素和特殊因素等确定各地的需求水平。既要考虑各地经济发展水平的高低、财政能力的强弱，又要考虑到各地公共商品和服务支出成本的差异。改革过程中，可以先选取一些最主要的和数据取得相对容易的因素，逐步扩大采用“因素法”核定的范围，完善评估体系和公式设计。
(五)减少财政转移支付中间环节，加强对财政转移支付资金的监督和管理
对财政转移支付的监督主要体现在：第一。加强法律上关于财政转移支付法律责任的规定；第二，制定一系列的制度来达到监督财政转移支付的目的。这些制度包括，对项目实行执行情况定期报告制度和对该项项目实行审计制度等：第三，加强和完善对财政转移支付行为的审计监督。西方发达国家对财政转移支付制度的审计监督相当发达，我们应当借鉴；第四，强调财政转移支付资金使用的事后监督，特别对专项项目拨付，应当跟进后续的监督。使整个财政转移支付在法制轨道中运行。
(六)尽快完善省以下财政转移支付制度
近年县乡财政收支矛盾加剧，基本保障能力脆弱，相当一部分县(市)财政支出对上级财政转移支付依存度越来越高，有些县乡财政工资按期发放都存在困难。这就要求省级财政能统筹兼顾，通盘考虑，在规范收支行为的基础上，提高财政的协调功能，对国民收入进行再分配。按照均等、效率和可计量的尺度，从广义上确定一个最低补助标准。另一方面，完整意义的财政转移支付体系包括中央对省、省对市、市对县乡的多层次的纵向的财政转移支付及省与省之间的横向的财政转移支付。目前，中央对省级的财政转移支付好于省以下地方政府的财政转移支付。相对来说，省以下财政转移支付制度步履缓慢，这势必影响了我国整个财政转移支付体系的全面确立。
(七)成立专门的财政转移支付机构
我国财政转移支付的机构建设可借鉴澳大利亚模式——政府机构加咨询委员会型，一是联邦国库部，二是联邦拨款委员会。根据国外经验和我国实际情况，可以成立一个专门机构来进行财政转移支付方案的确定和支付资金的拨付，具有一定的行政职能而非纯粹的咨询机构。该机构还可负责对财政转移支付的最终效果进行调查、追踪、反馈、监督和考评，使其社会效益和经济效益尽可能统一，不断提高财政转移支付资金的使用效率。
(八)逐步建立纵横交错的财政转移支付形式
根据我国实际情况，我们可以实行纵向财政转移支付为主、横向财政转移支付为辅、纵横交错的财政转移支付制度。首先，我国中央政府财力比较紧张，具有横向财政转移支付的要求。改革开放以来，由于财政体制原因，中央政府的财务窘迫，已连续多年出现高额财政赤字，不得不靠发行国债维持，国债依存度高达50%以上，造成中央财政的沉重债务负担。在这种情况下。如果再单纯依靠中央财政的纵向财政转移支付来平衡地区问的财政差额，则会更加剧中央财政的财力紧张状况，从而影响中央政府行使宏观调控职能。其次，地区财力差异很大，具有横向财政转移支付的能力。由于受自然、历史、现实条件所限，各地区经济发展极不平衡，地区财力极不均衡且差额较大。再次，在我国实行横向财政转移支付具有一定的基础。过去我国虽然没有直接的横向财政转移支付方式。但是各地区之间的人才、物力方面的交流，对受灾地区的支援，发达地区对欠发达地区的对口扶持等形式(虽不规范、明确、固定)，其实质是地区之间的横向财政转移支付，并且取得了一定的成效。最后，纵横交错的财政转移支付方式最大的特别是：能够充分发挥中央与地方政府、财务转出地区和财力转入地区两个方面的积极性与主动性。地方政府间的横向财政转移支付，既能在一定程度上减轻中央政府的压力(包括经济压力和精神压力)，又使财力转出地区与财力转入地区直接见面，形成明确的授受关系，有利于增强财政转移支付的透明度。提高资金的使用效率。
(九)大力优化财政转移支付结构
世界各国的政府间转移支付，大都采取复合型，即多种转移支付手法综合地运用。一般说来，这些形式大致可分为一般性转移支付、专项转移支付和分类转移支付三类。一般性转移支付是不附带使用条件或无指定用途的转移支付，其目标是重点解决各级政府之间财政收入能力与支出责任的不对称问题，使接受转移支付的地区能有足够的财力履行政府的基本职能，提供与其他地区大致相等的公共服务。专项转移支付大多带有定向支援、定向加强和委托办理的性质和特点。分类转移支付，一般只是指定转移资金的大的使用方向，而不规定具体的使用项目，接受此种转移支付的政府拥有一定的决策权。在选择新的转移支付形式时，上述三种当然都应加以考虑。但就我国近中期的实际情况看，当转移支付的模式确定后，似应建立一种以一般性转移支付为重点，以专项转移支付相配合，以特殊性转移支付作补充的复合型形态为宜。
(十)加快建立政府统计信息系统，完善基础性数据的统计
建立规范的财政转移支付制度需要大量的基础数据。数据的准确和完整与否直接影响财政转移支付资金分配的合理性。由于长期以来我国一直采用基数法，缺乏用“因素法”核定财政收支的数据和经验，加上对统计资料的不重视，使得基础性数据残缺不全、可信度低。今后应加大投入，加快政府统计信息系统的建设。提高政府统计信息的质量。