基础种子对农业生产用种安全起着非常重要的作用，优质的基础种子能提高品种的产量和质量，基础种子的纯度主要受育种家种子遗传性状、株行、株系种繁育程序以及基础种子管理措施的影响。随着种业市场的不断放开，影响基础种子质量的因素也越来越多。高质量的基础种子是生产高质量良种的源头。基础种子纯度越高，表现型就越趋于一致，生产出来的原种质量就越好，产量就越高。而基础种子纯度除决定于制种技术以外，主要受源头种子—育种家种子以及株行、株系种子纯度的影响。
1 原因
1.1 育种家种子遗传性状不稳定
育种家种子是指由育种家育成的、遗传性状稳定的、代表品种真实性状的，纯度达100%的原始种子。
其投入大田生产前，就应该是稳定纯合的种子，一般要经过多代的选择，待性状稳定后才可投入生产。近年，一些育种单位(或育种者)为了急于出品种、出成果，在其尚未达到高度纯合、遗传性状尚未完全稳定时就投入制种生产，结果造成遗传性状不稳定，田间表现植株高低不齐，分离现象比较严重，给品种的纯度及纯度鉴定带来诸多不利因素，也给新育成品种的产权保护造成很大的困难。
1.2 种子来源复杂，繁育程序混乱
从基础种子到大田生产用种一般要经过复杂的繁育过程：主要由育种家种子扩繁或老品种通过提纯复壮后进入株行、株系圃决选后而形成基础种子，再经过扩繁后形成原种，原种再经过大面积扩繁后才能形成大田用种。目前，大田用种繁育程序主要存在以下几种问题。
一是育种单位直接将育种家种子供给用种单位，由用种单位进行扩繁、留种，连续多代繁殖、使用，虽然有些用种单位在每次繁殖时也进行提纯、保纯，但由于与育种家脱节，靠自身技术人员的水平无法准确把握品种原有的特征特性，造成选择偏差，与原品种特性偏离。同时，超代繁殖由于自然变异和生物学混杂也会造成品种的退化和混杂，使种子纯度降低。
二是对一些老的常规种子，种出多门，乱引、乱调，乱繁，有些紧俏品种的劣质基础种子大量流入市场，质量无法保证。另外，一些单位引进的基础种子，纯度本来就低，加上对提纯、保纯工作重视不够，技术落后，使得种子越繁越杂，纯度更低。
三是一些制种单位管理混乱，一些老的常规品种在提纯复壮时没有按照严格的生产技术规程，基础种子生产和原种生产的管理脱钩造成经手人太多，或者在繁育过程中为了节约时间，采用两圃制，直接由株行圃选择后进入到扩繁原种阶段，对品种标准性状把握不准，常常发生一个品种有多个形态的现象，出现选择误差，造成同一品种性状参差不齐。
四是在扩繁的过程中，由于隔离不够，去杂不及时、不彻底，再加上多代繁殖，也会造成种子纯度降低和品种退化问题。
五是许多规模较小的用种单位和个人仍然自繁自用，质量得不到保证。
1.3 种子管理部门对育种家种子管理不力
目前，我国绝大多数种子管理部门对育种家种子的管理还没有一种行之有效的管理办法。
一是育种家种子的扩繁数量和流向严重失控，基本上是由育种家自己决定其转让、扩繁和销售，其质量和数量都无法得到管理部门的有效控制。
二是一些种子生产部门私自套购、引进所谓的育种家种子进行繁殖，造成基础种子纯度下降，甚至连真实性也难以保证。必然会进一步引起所制的品种混杂和质量下降。
三是我国品种审定工作同质检工作脱节，育种家种子的质量没能得到有效的监控，使一些劣质育种家种子进入生产领域，严重影响了基础种子的质量。因此，出台有效的措施对育种家种子的管理势在必行。
2 我市基础种子质量管理现状
我市从2005年开始对全市基础种子进行田间质量确认， 2005～2007年基础种子数量逐渐上升，2007年，确认合格的小麦基础种近8万kg，水稻基础种近7万kg，基本能满足全市小麦用种的需要。同时，通过常规稻麦育种家种子和株行株系种子的田间质量确认，我市常规稻基础种的生产过程逐步规范，企业质量意识逐渐加强，大企业建立了自己的专门繁育部门，小企业之间也出现了育繁分工的现象，种子行业内出现了种子产业化分工的雏形趋势，即有些企业不再自行生产株行、株系种子，取而代之的是委托自然条件好，生产技术力量强、育种经验丰富的专门从事种子生产的企业代为生产，生产出的育种家种子和株行、株系种子再提供给企业生产良种，从而保证了基础种子的质量，从源头上有效控制了种子质量事故的发生，保证了大田生产用种的安全。
但是，随着种子体制改革的不断深入，种子市场的不断放开，外地的品种大量流入，我市相应的法律法规不完善、管理措施不健全等诸多方面的问题，并且面对的情况越来越复杂，在很大程度上造成了基础种子质量事故发生的隐患，严重危害到农业生产用种的安全，所以提高基础种子的质量任重而道远，这就需要我们进一步加大投入力度，加强对基础种子的管理，完善相关法律法规和生产技术规程，严格开展育种家种子和株行、株系种子的确认工作，抓好基础种子的质量，从源头上杜绝种子质量事故的发生，确保农民用上放心种。
3 措施
抓好基础种子质量的关键是提高育种家种子和株行株系种的质量，只有严格控制育种家种子和株行株系种的质量，加强育种家种子的管理，才能生产出高质量的基础种子。
3.1 采用先进良繁技术，生产优质基础种子
基础种子的来源有两类：一类是由育种家亲自选育出来的种子，另一类是制种单位利用提纯复壮经过株行、株系圃所生产出来的种子，后者往往是使用多年的种子。无论哪一类种子，只有采取科学合理的繁育方法，才能保证生产出高质量的基础种子。近年，我省对育种家种子和株行、株系种子的生产过程加强了管理，规范了“三圃制”制种方法，对保证和提高基础种子纯度具有重要的作用。该程序是以育种家种子为起点，按照“育种家种子→原原种→原种”的顺序生产基础种子，或者由育种家或其特约育种基地通过单株（穗）决选，淘汰不良（株）穗行，选留标准（株）穗行，严格鉴定去杂，进入株（穗）系圃，再经过选择淘汰分离株（穗）系，混收后制得原原种。
同时，要求育种单位每年将育种家种子拿出一部分，由育种家种植保种圃，该程序整个过程坚持严格防杂保纯，不进行人工选择，这样可杜绝因选择不当而引起的基因漂变，有效地保持品种的种性和纯度。
3.2 加强育种家种子的管理
随着《植物新品种保护条例》和《中华人民共和国种子法》的实施，保护植物新品种产权问题就显得极为重要。为了保证生产用种的质量，保护育种者的产权利益，需要对育种家种子的提供、扩繁和利用实行规范化管理。
一是育种家种子在审定时，应向省级种子管理部门提供审定品种的标准样品，由省级种子管理部门对其进行标样保存和进行DNA或蛋白质鉴定，建立标准遗传图谱，作为品种鉴定和产权纠纷的判定标准。
二是由制种单位在扩繁育种家种子或原原种的时候，应在省级种子管理部门的监督下进行，并主动申请省级种子管理部门对制种田进行田间检验。
三是收获后的育种家种子或原原种，应使用省级种子管理部门统一制作的包装，并申请省级种子质量监督检验机构的监督检验。对质量合格的种子，按种子数量发给象征育种家种子的白色标签，以区别于其他一般种子。
四是种子生产单位生产用于制种用的基础种子时，应使用带有白色标签的育种家种子或原原种，并在当地种子管理部门监督下进行。
五是对于不合格种源，种子管理部门不予发放种子生产许可证。
3.3 加强对育种家种子和株行、株系种生产过程的检查确认
各级种子管理部门要积极开展常规稻麦育种家种子和株行、株系种子的田间质量确认工作，每年夏秋两季统一组织对生产育种种子和株行、株系种子的企业进行现场质量检查确认，检查常规稻麦育种家种子繁殖世代和株（穗）行圃、株（穗）系圃的繁殖用种来源、品种纯度、隔离状况、预计产种量等，以及生产程序、档案记载等是否符合《水稻（小麦）原种生产技术操作规程》规定的要求。并将确认结果作为核发种子生产许可证的依据，从源头上强化对种子质量的控制。